Microbial Genomics Lab — Phân tích hệ gen vi sinh vật

Dịch vụ

Làm trọn gói một mẫu, hoặc một lô mẫu so sánh. Mỗi bước đều có báo cáo trung gian để bạn kiểm tra trước khi đi tiếp.

QC & lắp ráp

Đánh giá chất lượng read, lọc adapter, lắp ráp genome, thống kê N50 / độ phủ / tính hoàn chỉnh và tạp nhiễm.

Chú giải hệ gen

Dự đoán ORF và chú giải chức năng theo KEGG, COG, GO, CAZyme; phân loại sản phẩm gen và pathway.

Phân tích chức năng

Phân bố nhóm chức năng, so sánh giữa các mẫu, phát hiện gen liên quan đến con đường chuyển hoá hoặc cơ chế quan tâm.

Visualize tuỳ chỉnh

Bản đồ genome vòng (Circos), mạng chức năng, Venn/E-Venn, UpSet, chord diagram — vẽ theo dữ liệu của bạn.

Bàn giao đầy đủ

Không chỉ ảnh. Bạn nhận file gốc, bảng số liệu và ảnh độ phân giải cao để dùng lại hoặc nộp bản thảo.

Trao đổi trực tiếp

Người phân tích là người làm khoa học, trao đổi thẳng về phương pháp — không qua tổng đài.

Kết quả mẫu

Bốn dạng hình dưới đây được vẽ trên dữ liệu minh hoạ, đúng định dạng bạn sẽ nhận. Ảnh gốc có phân giải tới hơn 10.000 px và xuất được cả PDF/TIFF.

**Bản đồ genome vòng.** Vòng ngoài: vị trí CDS hai chiều. Vòng trong: rRNA/tRNA, GC content và GC skew, đánh dấu điểm khởi đầu sao chép.

Mạng phân loại chức năng GO — **Mạng GO.** Ba nhánh Biological Process / Cellular Component / Molecular Function, kích thước nút theo số gen.

Mạng E-Venn nhóm chức năng COG — **Mạng COG (E-Venn).** Bốn nhóm chức năng lớn, phần trăm và số gen từng nhóm, kèm cầu nối giữa các nhóm.

Biểu đồ lollipop pathway KEGG — **Pathway KEGG (lollipop).** Số gen theo từng pathway, nhóm theo 6 lớp chức năng KEGG: Human Diseases, Organismal Systems, Cellular Processes, Environmental Information Processing, Genetic Information Processing, Metabolism.

Báo giá

Tính theo mẫu. Từ 20 mẫu trở lên giảm 10%, áp dụng cho cả hai gói.

Gói cơ bản

1.000.000 VND / mẫu

QC → lắp ráp → chú giải hệ gen → phân tích chức năng. Không kèm visualize.

Báo cáo số liệu đầy đủ
Bảng chú giải KEGG / COG / GO / CAZyme
File gốc bàn giao đầy đủ

Gói đầy đủ · có visualize

2.000.000 VND / mẫu

Mọi thứ ở gói cơ bản, cộng thêm hình ảnh chuyên biệt theo dữ liệu của bạn.

Bản đồ genome vòng, mạng chức năng, Venn, UpSet, chord
Ảnh PNG / PDF / TIFF / JPG, độ phân giải cao
Chỉnh sửa hình theo yêu cầu bản thảo

Chiết khấu theo số lượng

Số mẫu	Giảm giá	Gói cơ bản (mỗi mẫu)	Gói đầy đủ (mỗi mẫu)
1 – 19	—	1.000.000 ₫	2.000.000 ₫
20 trở lên	−10%	900.000 ₫	1.800.000 ₫

Giá trên là giá khởi điểm cho 20 mẫu khách hàng đầu tiên. Sau đó giá được điều chỉnh theo thực tế và sẽ thông báo trước.

Cộng gói chuyên sâu (+500.000 ₫/mẫu)

Số mẫu	Cơ bản + chuyên sâu	Đầy đủ (có visualize) + chuyên sâu
1 – 19	1.500.000 ₫	2.500.000 ₫
20 trở lên	1.350.000 ₫	2.250.000 ₫

Khách quốc tế: báo giá quy đổi USD theo tỷ giá tại thời điểm báo giá.

Gói chuyên sâu theo yêu cầu

Ngoài chú giải chức năng cơ bản (KEGG, COG, GO, CAZyme), tôi chạy thêm các phân tích chuyên biệt theo câu hỏi nghiên cứu của bạn.

Phụ phí: +500.000 ₫ cho mỗi mẫu, tính cho toàn bộ 6 nhóm chuyên sâu (không tính riêng từng nhóm, không bỏ mục nào — kể cả antiSMASH và MOB-suite). Từ 20 mẫu trở lên giảm 10% → 450.000 ₫/mẫu. Mua trọn chuyên sâu: 2.500.000 ₫/mẫu (gói đầy đủ có visualize + cả 6 nhóm), 20 mẫu trở lên còn 2.250.000 ₫/mẫu.

Gene kháng kháng sinh

Phát hiện gen và đột biến kháng thuốc trên CARD; so chéo bằng ResFinder / AMRFinderPlus khi cần mức phát hiện khác nhau.

RGI → CARDResFinderAMRFinderPlus StarAMR

Gene kháng kim loại nặng & biocide

Sàng lọc gen kháng kim loại và hợp chất diệt khuẩn — hữu ích cho nghiên cứu ô nhiễm, môi trường và kiểm soát tiệt trùng.

ABRicate → BacMet2confirmed 753 gen predicted 155.512 gen

Yếu tố độc lực

Phát hiện gen độc lực, phân nhóm theo cơ chế: bám dính, xâm nhiễm, độc tố, hệ tiết, lấy sắt.

ABRicate → VFDBVirulenceFinder (E. coli) Kleborateecoli_vf / UPEC-ExPEC VF

Plasmid & yếu tố di truyền di động

Tái dựng plasmid từ các contig, typ hoá theo replicon/relaxase, đánh giá khả năng truyền, và xác định gen kháng nằm trên plasmid hay nhiễm sắc thể.

MOB-recon → MOB-clusterMOB-typer PlasmidFindergeNomadMobileElementFinder

Cluster sinh học tổng hợp (BGC)

Dự đoán cụm gen tổng hợp chất chuyển hoá thứ cấp: NRPS, PKS, hybrid, terpene, peptide — kèm so sánh với cluster đã biết.

antiSMASH → MIBiGBiG-SCAPE

Typ, nhận dạng chủng & chất lượng genome

MLST / cgMLST, serotype cho các loài thường gặp, ANI với reference gần nhất, và tính hoàn chỉnh–tạp nhiễm để quyết định genome có đủ chuẩn công bố.

MLST / cgMLSTECTyperSISTR fastANICheckM2

Về phân loại học theo chuẩn GTDB: GTDB-Tk cần reference data rất lớn (GTDB R220 gồm 584.382 genome vi khuẩn, hàng chục GB RAM mỗi lần chạy, bản cũ tới ~320 GB). Mặc định tôi dùng CheckM2 + fastANI — đủ để trả lời "genome này là loài gì, có sạch không". GTDB-Tk nhận riêng theo yêu cầu, báo giá tách.

Mục nào cần, mục nào không — tôi sẽ nói thẳng nếu phân tích đó không trả lời được câu hỏi của bạn, thay vì chạy hết tool rồi giao một đống bảng không dùng được.

Từ dữ liệu thô đến kết quả dùng được ngay cho bài báo và báo cáo.